加太春日神社の創建年代は明確ではありませんが、紀伊国造家旧記によると、神武天皇の東征の際に、天道根命が神宝を携えて加太浦に上陸し、仮の宮を造営して天照大御神を祀ったことに始まるとされています。 当地は海に面して漁業が盛んなため、後に航海安全と豊漁を祈願する住吉神社が合祀されたようで、文保元年（1317年）6月29日付の賀太庄住吉社への寄進状（向井家文書）が残されています。